蔬菜大棚建設同一作物根系分泌物，導致一些土壤微生物茁壯成長，一些土壤微生物受到阻止，使微生物群落異化，這不利于土壤熟化和肥料養分分解分化，土壤性能惡化。此外，連作土壤微生物群落的變化，可使病害體逐年積累，數量迅速增加，拮抗和放線菌受到阻止，可引起枯萎病、青枯病和根結線蟲等土壤傳播病害的發生。
　　蔬菜大棚建設全年高熱，再加上高濕度，土壤微生物活動，加速土壤養分和有機質的分解速率的轉換，同時，由于不合理的常年過量施肥，又缺少雨水淋洗，在各種肥料鹽與灌溉水的表層土壤中積累的，形成次生鹽漬化。根據確認當土壤含鹽濃度為百分之0.3-0.5因為高等植物細胞液濃度，作物吸水困難，易發生萎蔫，當土壤堿解氮、磷、鉀、鹽損傷超過臨界濃度，溫室蔬菜容易發生食鹽中毒，影響根系的生長。
　　在連作條件下，大量使用相同或相近的肥料，而特定作物對養分的吸收有一定的選擇性，這樣會使某些元素過分缺乏，而一些元素過多的積累過剩，使蔬菜大棚建設土壤養分失衡，施肥多，有機肥少，影響蔬菜的自然品質。